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在2月中旬,日本理化學研究所RIKEN和《自然》方面分別就小保方晴子所遭受的學術不端指控開展了相關調查行動。 3月5日,RIKEN向外界公布了更多關于STAP細胞制備過程的詳細情況, 并表示小保方研究中的其他實驗方法將會發表在《自然》期刊的“實驗方法交流” (Protocol Exchange)網頁上。
2014年4月1日,日本理化學研究所發布完整調查報告, 宣布小保方晴子在研究中存在捏造、篡改等學術不端行為。 共同作者雖無學術不端行為,但由于未能發揮把關作用也“責任重大”。 事情發展到這里,就不得不再介紹一個人——小保方晴子的導師:當時日本理化學研究所發生與再生科學綜合研究中心副主任笹井芳樹。
緊接著,更嚴重的問題出現了。 小保方晴子在《自然》上發表的文章,明顯重復使用了兩張其博士學位論文上的圖片,當時該圖片是用于表示該細胞原本就處于胚胎狀態的,而非STAP之后變為胚胎狀態。 這引發了一系列要求《自然》撤回該文章的呼吁,最具破壞性的呼吁來自于該文章其中一位共同作者:山梨大學的克隆專家若山照彥,他表示對該文章已經失去信心。
12月19日早上當地時間10:30分 (北京時間9:30),理化學研究所公開實驗結果,小保方晴子沒有出席記者會,但發布了一封公開信。 小保方晴子 (Obokata Haruko)和同事發現,將從新生小鼠身上分離的細胞暴露在弱酸性的環境中,能夠使細胞恢復到未分化狀態,并使其具備分化成任何細胞類型的潛能。 他們將這種現象稱之為“刺激觸發的多能性獲得” (STAP)。 2014年1月29日,小保方團隊將兩篇研究論文發表在《自然》上——是的,兩篇Nature,同一天內。 論文一發表就引起學界極大震動,一方面帶來一片驚嘆聲,另一方面也引起部分人的懷疑。